В 587 г. до н. э. значительную часть жителей Иудеи увели в Вавилон, с чего и началась эпоха Вавилонского плена. Иерусалим и его Храм были разрушены, а Иудейское царство (Иегуда) прекратило свое существование. После завоевания Вавилона персами в 539 г. до н. э. победители в лице царя Кира Великого позволили иудеям (евреям) вернуться на родину. Некоторые из них воспользовались этой возможностью: на протяжении 530-520-х гг. до н. э. имели место как минимум две волны возвращенцев.
После непростого и болезненного размежевания с общиной тех, кто выселению не подвергался, евреи восстановили свой Храм, который был освящен в 516 г. до н. э. В начале периода Вавилонского плена действовали библейские пророки Иеремия и Иехезкель; Второисайя (безымянные авторы глав 40-66 книги Исайи), Захария (автор глав 1-8 книги Захарии) и Хагай действовали в его конце. Персидский период продлился всего 200 лет — с 539 г. (покорение Вавилона Киром) до 334 или 333 г. до н. э. (завоевание Персии Александром Македонским). Среди главных достижений этого периода следует помимо восстановления Храма назвать деятельность Эзры (вероятно, 458 г. до н. э., хотя многие ученые предпочитают датировать это событие примерно 30 годами позже) и Нехемии (445 и 432 г. до н. э.).
Эзра возглавлял очередную волну возвращения из Вавилона, он пытался расторгнуть браки священства и аристократии с неевреями и зачитал народу Учения (Торы) Моисея (Эзра, 7:10). Работа Нехемии была разнообразнее — она включала в себя как укрепление и новое заселение Иерусалима, так и отмену долговых обязательств для бедноты, а также еще целый ряд религиозных реформ. Поколение Эзры и Нехемии — последнее в библейской истории; последним же из пророков был Малахия (собственно, Малахия может быть и нарицательным именем, означающим “Мой посланец״, или, в чуть иной огласовке, “Его посланец”; другими словами, эта книга анонимна), который жил, вероятно, совсем незадолго до Эзры и Нехемии.
Эзрой и Нехемией завершается Библия и Библейский Израиль (см. следующий раздел, а также главу 6). Завоевание Персии Александром стало началом эллинистического периода. После смерти Александра державу поделили между собой его полководцы, которые на протяжении нескольких десятилетий боролись друг с другом за власть. В итоге, когда постепенно улеглись споры (301 г. до н. э.), Иудея оказалась под властью Египетского царства (македонские Птолемеи). Еще век спустя (200 г. до н. э.) ее завоевали македонские цари Сирии (Селевкиды). В культурном смысле эллинистический период продолжался еще много веков, быть может, даже до самого арабского завоевания в VII в. н. э., однако политически для жителей Леванта он закончился приходом в I в. до н. э. римлян.
Для иудеев этот период оказался еще короче. На протяжении персидского и эллинистического периодов евреи вполне спокойно относились к своим правителям. Нет ни малейших свидетельств сколь бы то ни было серьезного еврейского сопротивления господствовавшим над ними державам. Картина резко изменилась в 160-е гг. до н. э. В 168-167 гг. до н. э. селевкидский царь Антиох Эпифан осквернил Храм и начал гонения на иудаизм; в Иерусалимском храме он установил алтарь Зевсу и потребовал от евреев отречься от законов Торы. Против царя поднялись различные еврейские повстанческие группы, самой значимой из которых был клан Матитьягу (Маттафии) Хасмонея и его сына Иегуды (Иуды) Маккавея, в связи с чем вся династия именуется Хасмонейской, или Маккавейской.
В 164 г. до н. э. Маккавеи отвоевали и очистили Храм; еще 20 лет спустя власть Селевкидов свергли. Хотя этот конец эллинистического периода остается самой примечательной чертой той эпохи, III и IV вв., спокойные и небогатые на события, представляются сегодня историкам периодом важного внутреннего перелома в иудаизме. За это время значительно возросла и обрела силу диаспора — “рассеянье״ евреев по всему миру, начался процесс канонизации Писания, создания первых известных внебиблейских книг, постепенного превращения пророчеств в апокалиптику, появился класс писцов — светских знатоков священных традиций.